孤岛惊魂是个多结局游戏，玩家在游戏的最后会有两个选择，这个需要玩家自行体验，对于通关了的玩家可以参考一下下文的不同结局解析，建议玩家亲自体验一下这款游戏的两个结局。
结局不同选择
主角杀死大反派后，跟弟弟回到斯特拉那儿，结果被迷魂香（或是别的啥玩意儿）弄晕了。醒来后发现自己被斯特拉绑起来了，斯特拉向主角表白：她爱上了主角，于是便让主角走上战士之路。
主角在斯特拉走后自己解开了绑自己双手绳子，开始走上了战士之路。在战士之路上，出现了许多火焰莉莎、巨人莉莎的画面，应该是斯特拉为了让主角留下而在主角的战士之路诋毁莉莎，让主角认为莉莎便是那强大的巨人。
走过战士之路后，主角拿起明朝古刀，就转到处决莉莎的画面。
选择 【救下朋友】，主角打破了幻觉，恢复了一些理智，并没杀死莉莎，而是把绑莉莎的绳索割开。并说道：这些罪行结束了，我不干了，不能再让人流血了！斯特拉看到主角这样做，再一次表白说自己爱主角。结果，丹尼斯大叔出现，羡慕嫉妒恨（之前的任务，他说幸亏斯特拉收留他，那时候他还喝了不少酒，原来是个吊丝，好像还很喜欢斯特拉）地说到：杰森，你是怎么回事！？斯特拉她救了我，救了所有人，而你却拒绝她的爱（这才是真爱啊，为了让自己所爱的人幸福，忍心把自己所爱给别人），啊！？（说完就用刀捅向主角）接着斯特拉冲过来挡了这致命的一刀，斯特拉又一次深情地表白道：我爱你，别离开我……主角低声说了句“我很抱歉”之后斯特拉就死了。这是丹尼斯后悔道：我都做了什么、我都做了什么，斯特拉，求你了，别走……斯特拉，对不起，别走啊（都哭出来了），求求你了！（唉，所爱之人不早些表白，等晚了之后才…这时候，丹尼斯错杀了女王斯特拉，即使丹尼斯不会以死谢罪，罗克亚特的人们也不会放过他的）过了一段动画后，主角很有哲理的说到：我杀了不计其数的人，我不能就这样的回去，我是个怪物，我依然能感觉到身体中的愤怒，但是，我还是，在心中的某些东西，比愤怒更好，还更多。接着主角的朋友们都开船走了，主角则留在岛上继续冒险，斯特拉、丹尼斯、主角朋友以后不会出现，神庙也不会再打开，而主线任务也不会再有了。
选择 【加入斯特拉】，主角受幻觉蛊惑，认定女友莉莎是巨人，并割了女友的喉，女友跟其他朋友，包括自己的弟弟莱利都死亡了……接着出现主角跟斯特拉交配的画面（众目睽睽啊！），结果没几秒就射了，射之前，斯特拉告诉主角：主角会成为罗克亚特的王，所有的人都会效忠于他（哎？丹尼斯这个吊丝跑哪去了！）。主角射完后，已经没有余力了，被斯特拉用明朝古刀砍中腹部，濒临死亡，斯特拉说：主角和她的孩子将来会成为罗克亚特的王，主角是一名战士，死也要像个战士（这就是主角死的原因，主角是个战士，不能像个普通人一样病死，而斯特拉也明白主角有主角光环，不可能在正常情况下死亡，于是趁着主角虚弱之时，用刀砍死主角，让主角死也像个战士一样），你…赢了。说完主角倒下。后来按enter，主角没死，只是晕了，斯特拉不再见主角，神庙大门永远关闭，丹尼斯不知所向，主线任务消失。
