《三国战纪3》的操作与前作有些不同，而且在系统上有很大改进，游戏中加入了双武将技能，可以召唤出神兽，听起来这种设定非常吸引人，并且游戏中还加入了隐藏关，需要相应条件才能挑战。
主要攻击模式
A 轻攻击 跟前作一样有4下A (不同的是这带可以空取消，不用打到人就能4下)
B 重攻击 最多连打2下
C 跳跃
4C 紧急回避
A+B 跟B+C 武将技,会扣一颗七星玉,一个人最多拥有5颗七星玉
A+C 七星转生(武将本命觉醒)
基本按键招式组合
1.A-A-A-A
2.A-B（挑空技，普通连招中只能一次）
3.A-A-B
4.B-B
双武将技：神兽召唤
之后双人站在一起同时使用A+B或是B+C(要靠很近)可已有三种神兽。
七星连珠系统
是一种将招式在按键配合之下所产生的连段。
是这次IGS的新系统之一。
另外所有角色在各自的序关(只有这关)。
都有黄色闪光来提示连段中是否可以产生七星连珠的连技。
没有黄色闪光的连技,就不是七星连珠。
连技系统
连技方面以按键招式配合，例如a>a>a>b这些。
就算没有攻击目标按键时攻击动作也不会停下。
而连技方面, 击中敌人6hit后，敌人便会震空, 而连技方面是四招一式。
但一式和以前的不同，要以特别招数使用先可行，而且是全中的(即可说是五招)。
震空和轰飞
震空是指当敌人中了攻击后，强制升起的情况，这时，是可以受到连招攻击的。
但问题是若连招中未完成便不可再接其它基本招式。
轰飞是指当敌人中了攻击后，会强制撞击板边飞到另一方，这时，任何基本招式不可再接。
其它系统
加入了任务系统，所以有时会出现任务，这时一般会出现字幕告诉你，通常会以对话中红字表示。
还有，过往的道具是需要按钮先可以拿到，现在已经不用了，因为经过时便会捡到。
挑战隐藏关条件
①取得朱雀令(打朱雀,她在防守时被打中会掉出)。
②三国之殿取得苍龙令,白虎令,玄武令之一(苍龙令连苍龙孙权22连,白虎令20秒内杀死白虎-岚,玄武令40秒内杀死玄武曹操)。
③单打分数150W以上,双打至少有一人达到133W。
吕布选法
繁体中文版调法（在貂禅处 下上上下 然后按住开始键 ABBCCA)
简体中文版调法（在吕双双处 上下下上 然后按住开始键 CAABBC)
日文版调法（在吕双双处 上上下下 然后按住开始键 BCCAAB)
英文版调法( 在貂蝉处下下上上 然后按住开始键按键 AABBCC)