《生化奇兵无限》的剧情确实难懂，虽然有人分析了，但相信还是有一部分玩家没看明白，本文是目前最清晰的剧情梳理，（按照时间顺序）看完后一定会让你明白许多。
Battle of Wounded Knee（伤膝谷之战，AiurTemplar：伤膝谷之战是一场美国历史上白人对印第安人的大屠杀，感兴趣的同学可以搜来影片《魂归伤膝谷》看一看。也因为这部影片的原因，我把Wounded Knee翻译成伤溪谷，而不是伤膝河）之后，Booker DeWitt被自己暴行的罪恶感所折磨，因而他想要找到一种摆脱罪恶感的方法。他偶然遇到了Preacher Witting（博学传道士），传道士告诉他他可以洗清罪过，重新做人，以一个新的身份重新开始。
在一个宇宙中，Booker觉得自己无法接受洗礼，然而在另一个平行世界中他同意了洗礼，并且冠上了Zachary Hale Comstock的名字。洗礼后，Comstock遇到了上帝的大天使Columbia（一般认为是平行世界版本的Elizabeth），她的到访使得Comstock认为自己是一个先知，大天使告诉他要创建一个天空之城，以引导世界走向正义。
他开始认为美国就是“新伊甸”，美国的建国国父是上帝的伟大计划的先知。然而，他还认为只有白人是真正自由的人，轻视其他种族，认为他们不比动物强多少。他认为亚伯拉罕·林肯是“大叛徒”，他为国家带来的只有战争和死亡。
这时Comstock遇到了量子物理学家Rosalind Lutece，在她的帮助下以及美国政府的支持下，他把天空之城变成了现实，命名为Columbia，并且组建了白人统治团体The Founders（创造者），这是一个极端民族主义分子政党，以他自己为首脑。Columbia成为了美国理想的代表，此时美国成为了左右世界的力量，Columbia被派往世界各地，以振国威。
当中国的义和团起义发生时，Comstock发现中国挟持了美国的人质，于是他下令Columbia对中国百姓开火，认为他们是美国理想的敌人。他的行动使得全世界都知道了Columbia实际上是一艘巨大的战船，美国极力否认Columbia，认为它的行为属于叛国，Comstock于是宣布Columbia脱离美国，然后这座天空之城就消失在了空中。从那开始，Comstock开始认为Columbia才是真正的美国，地上的“老”美国已经是变质的美国理想的产物。
随着时间的推移，Rosalind Lutece发现通过量子院子实验，她可以打开进入平行宇宙的传送门，她遇到了平行宇宙中另外一个版本的自己，Robert Lutece。二人很快勾结在一起，并对外宣称是双胞胎兄妹/姐弟。Comstock想要利用这一成果，于是在Robert的帮助下，他们建造了一个能够穿越到其他平行世界的机器，利用这一机器，Comstock宣布自己能够预示未来，这使得Columbia上的人开始相信他真的是上帝的先知。利用这个机器，Columbia上的科技快速发展，远比地面上的国家发达。
然而，Comstock很快发现那个机器使他的身体开始恶化，他加速老化并且无法生育了。他不顾一切的想要把自己的种子传承至今后（AiurTemplar：就是为自己的理想找个继承人），他决定从平行世界中弄来一个孩子。Lutece二人找到了Booker，愿意把他的账一笔勾销，只要他把女儿Anna DeWitt叫出来。Booker同意了，把Anna交给了Robert，Robert又把Anna交给了Comstock。
Booker接下来立刻就反悔了，他跟踪了Robert，发现他们在一个胡同中想要通过tear（裂隙）传送回Comstock所在的维度。他想要阻止Comstock回去，但没能成功。然而裂隙关闭稍早了一些，把Anna右手小指的一段切了下来。由于有一部分身体位于其他平行宇宙中，Anna之后凭直觉就能操纵Luteces二人为Columbia带来的力量。（这句话需要证据）
Comstock意识到Anna是他完成他重组世界理想的关键，于是他建造了Monument Island（纪念碑岛）来囚禁她，她在这里接受各种实验，获得了创造裂隙穿梭于不同时空的能力。然而Comstock还建造了Siphon（虹吸管），用来限制她的力量。
Comstock利用这些维度间能力与虹吸管创造了一个守护者生物——Songbird，用来确保Anna的安全，并且看守她以防止她逃跑。Comstock把Anna改名为Elizabeth，并称其为“Lamb of Columbia”（哥伦比亚的羔羊），Founders很快就开始把她当做救世主进行膜拜。
然而令Comstock糟心的是，他滥用Rosalind和Robert的机器不但导致他身患癌症，同时他还知道了Elizabeth的真正父亲最终会找到一条路来把她从自己手中夺走。他开始警告大众Booker是“False Shepherd”（伪牧人），他右手上有着“AD”二字的印记（这是Booker自己刻在手上的），有朝一日会来捣乱。Comstock决定把Elizabeth培养成一个和自己一样的极端种族主义者以及神棍。
然而，Comstock夫人对于把Elizabeth的真相与公众隔绝越来越觉得沮丧和愤怒。Comstock觉得她早晚会发飙捅娄子，就谋杀了自己的妻子，并且嫁祸到了Comstock夫人的女仆Daisy Fitzroy身上，之后Daisy成为了Vox Populi（人民之声）的领袖。接下来，Rosalind与Robert通过裂隙看到了Columbia的未来以及Elizabeth会变成一个什么样的人，于是他们计划把Elizabeth送回她原本的宇宙中，以避免未来的发生。然而Comstock发现了他们的计划，命令Jeramiah Fink在二人使用装置的时候搞破坏，从而杀死了他们。
而实际上，这次破坏导致Rosalind与Robert存在与所有的时间与空间中，使得他们有了在任何时间任何地点现身的能力。二人依然想要阻止Comstock，于是他们定计将Booker DeWitt送到Comstock所在的宇宙中以使他夺回自己失散多年的女儿。这计划的施行使得Booker由于穿越丧失了大部分关于Comstock和Anna的记忆，唯一一点他还记得的只剩下了Robert告诉他的一句话：“Bring us the girl and wipe away the debt”（把女孩带给我们，你的债一笔勾销），他想来想去理解成了把Elizabeth从Columbia带回纽约以还清自己的赌债（而实际上是父女债）。Booker坐着火箭不断爬升，来到了Columbia营救Elizabeth。
Comstock派遣Founders追杀Booker，以阻止他来带走Elizabeth。他甚至利用Elizabeth的能力创造了Comstock夫人即生又死的幻影来阻止他们前进。然而，在Songbird抓走Elizabeth后，一个年老版本的Elizabeth，由于后悔自己成为了Comstock意志的继承人——也就是“drown in flame the mountains of man”（将人山淹没于火海，也就是对纽约甚至全世界的全面攻击）的执行者——把Booker带到了自己的宇宙中，给了他一张便签，上面写了避免年轻版本的自己避免落入如此命运的方法，之后Booker从Comstock手中救出了Elizabeth。
Booker和Elizabeth决定为Comstock的罪恶划上句号，二人登陆了他所在的船The Hand of the Prophet（先知之手），在一个小屋中与Comstock对峙。在这里Comstock表示很后悔，为什么不去告诉Elizabeth的真相，而是选择了派成千上万的军队追杀Booker。他抓起了Elizabeth的手，要求Booker告诉她她为什么会失去一节手指的真相，而Booker盛怒之下杀死了Comstock。
摧毁了纪念碑岛上的虹吸管后，Elizabeth终于能够全面释放自己的能力，使得Booker想起了他自己都做过了什么。二人来到了Booker在伤膝谷之战后洗礼的地方（他当时在他自己的宇宙中拒绝了洗礼）。Booker和Elizabeth发现这个世界中的Booker接受了洗礼，导致他自己“再生”成为了Zachary Comstock，这意味着Booker和Comstock是同一个人——Elizabeth使得他明白了，想要真正的毁灭Comstock，在所有的宇宙中都彻底消除他的存在，Booker必须在其他平行世界的自己选择接受洗礼前死掉。
大彻大悟的Booker让来自于各个不同宇宙的Elizabeth淹死了自己。如此一来Comstock以及所有游戏中发生的事情，都被扼杀在了摇篮中，从不存在，因而各个宇宙中的Elizabeth也都消失了。
