游戏属于RPG与格斗游戏融合，在战斗的时候和平常玩家跑剧情，按键的作用都是不同的。
「战斗操作及上手指南」
摇杆: 移动
十字键: 使用道具
LB&RB: 使用援助人物
LT：分身
RT: 挡架
X: 使用飞行道具
Y: 蓄力/ 引出查克拉
A: 跳跃
B: 普通攻击
Start: 暂停
进阶操作（与2代类似）
「突进&后退」
最基本的技巧, 轻按(A)2下, 人物会向目标方向移动。
按（A）1下或2下配合方向键可以向不同方向跳跃，距离长短根据按键判断。
「投技」
使用方式: RT + (B)
投技, 也是FTG的基本功夫, 在这里只是是各种忍术奥义的另一种形态, 演出很华丽。
「连技」
本作的连技亦相当简单, 一般都是「BBB"方向键"BBB...」等等。一般人物的普通连技就是↑, ↓, ←或→三种方向变化派生, 按照不同的场合和需要随玩家操作。如果想用招式OOOO↑OOO的话, 玩家能够先攻击前先按着↑再按进行攻击, 判定也会产生。
