《口袋妖怪GO》中可以占领别人的道馆，可以通过降低对方的声望值来占领，当声望值为0的时候，就可以占领了。
道馆占领
首先是道馆在没有被占领的时候是白色的，被占领后，道馆颜色会变为占领道馆的玩家所属队伍的颜色，同时道馆上方会显示道馆内最强的一只口袋妖怪GO。道馆的声望值(Prestige)决定了道馆的等级，而道馆的等级决定了能放入的口袋妖怪GO的数量。在目前的游戏版本中，道馆等级最高为10级。
每往道馆内放入一只口袋妖怪GO，道馆声望值增加2000，此外训练师可以挑战和自己队伍颜色相同的道馆来增加道馆的声望值，而如果是不同颜色的道馆，则挑战道馆时会降低对方道馆声望值，当道馆声望值降为零时，可以占领道馆。在目前的游戏版本中，我们尚未见到玩家之间互相对战的玩法，因此挑战道馆成为了唯一能体验口袋妖怪GO对战的方式。
道馆挑战
挑战同色道馆的规则是以一打多，即我方派出一只口袋妖怪GO，按CP值从小到大的顺序挨个与道馆内的所有口袋妖怪GO对战，视战胜的口袋妖怪GO个数与等级差距，给于挑战者相应的XP以及道馆本身增加的声望值。可以看出，当道馆升到3级时，如果仅仅只是单纯放入3只口袋妖怪GO所拿到的6000声望，已经不够道馆升至4级所需的8000声望，想要再放入一只口袋妖怪GO必须不断挑战道馆，直至道馆的声望达到8000。
而挑战异色道馆的规则是以六打多，即我方派出6只口袋妖怪GO(派哪些口袋妖怪GO以及上场顺序可以自己调整)来挑战道馆内所有的口袋妖怪GO。战胜道馆内至少一只怪后，会给于挑战者一定的XP，同时道馆本身会减少一些声望值。注意，并不是战胜道馆中所有的怪，道馆就能被夺取的。如果是一个4级的道馆，声望8000，你可能需要至少打完4轮才可能夺取道馆。当然，随着挑战过程中道馆声望的不断下降，道馆等级也随之下降，道馆中的口袋妖怪GO数量也会逐渐变少(会以CP值从低到高的顺序逐渐踢掉口袋妖怪GO )，你每一轮需要战胜的口袋妖怪GO也会逐渐变少。
道馆中每个训练师最多只能放入一只口袋妖怪GO，被放入的口袋妖怪GO进入锁定状态，是无法升级或者进化的。如果道馆被敌方夺取，口袋妖怪GO会以剩余1血的模式解除锁定，你就需要用药水来好好安抚它们啦。同时，SHOP界面的右上方会显示当前你派出去的镇守道馆的口袋妖怪GO数量。每隔21小时可以按这个按钮领取一次奖励，每有一只镇守道馆的口袋妖怪GO，将会获得500星尘(Stardust)与10金币的奖励。
对战技巧
1.道馆对战时属性相克和CP同样重要
属性克制时，敌方受到的伤害会显示为super effective，而己方受到的伤害可能只是Not very effective。用CP相当而属性克制的口袋妖怪GO挑战道馆时甚至可以连胜三四场。游戏的具体伤害公式至今未知，所以实际对战的时候推荐多用不同的口袋妖怪GO战斗体会一下，具体的属性相克应该是延续了初代口袋妖怪GO的设定。
2.挑战同色道馆
如果你的口袋妖怪GO的等级比道馆内部口袋妖怪GO等级要低(虽然无法直接看等级，不过可以用CP值判断大概)，最后计算声望和经验的时候会有成倍的加成，结合属性克制可以更有效率地刷道馆声望。
3.使用幸运蛋(Lucky egg)之后的30分钟内所有经验都可以加倍
单以时间效率算，进化口袋妖怪GO的性价比最高：看一场半分钟左右的进化动画就能获得500经验，如果进化出的口袋妖怪GO恰好是之前没有的，获得图鉴还可以再得500经验。在幸运蛋的效果下这两笔经验都可以翻倍。不过，在此之前要多攒些精灵糖才好。
4.勿信网上抢口袋妖怪GO段子
在口袋妖怪GO在地图上刷出来之后，过一段时间会消失。在这段时间里，任何靠近它并看到它的训练师都可以尝试捕捉它，并不会因为其他人捕捉了这只口袋妖怪GO你就捕捉不到了，甚至等级相同的训练师捕捉到的很可能是CP相同的口袋妖怪GO。但是如果中途捕捉失败口袋妖怪GO逃脱了，你在地图上将无法再次看到它，也就没法再次捕捉了，而其他能在地图上看到它的训练师还是可以捕捉的。
5.附近有稀有口袋妖怪GO却久寻不得
看看旁边有没有其他像是训练师的人(通常表现为举着手机，不停重复手迅速上扬划过的动作)。由于口袋妖怪GO在地图上显示后，附近的所有人都可以抓到，所以可以试试看交换一下情报。
6.星尘(Stardust)数量有限
在星尘数量有限的情况下与其频繁升级手头上的低级口袋妖怪GO，倒不如直接进化基础等级较高的口袋妖怪GO，基础等级太低的口袋妖怪GO就送给大木博士换糖吧。