《轩辕剑外传云之遥》在剧情规划上早《汉之云》10余年，内容涉及从蜀汉初定，刘备取得汉中起，至诸葛亮第三次北伐止的一段三国历史。从时间上看，《云之遥》与前作《汉之云》前后相接。
《云之遥》相对付从第四次北伐起说的《汉之云》，历史跨越度更广，也更有利于玩家理解在第四次北伐之前蜀汉的对手——魏的备战过程。当您遇到把存档修正坏了的情况时，您只需要把这个存档文件复制到游戏的存档目录中。
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* 兰茵遭受变故。
* 铜雀尊者确定雏形。
* 魏开始积极抵抗诸葛亮的北伐之路。
* 战争，让暮云蜕变。
这段历史时期，恰逢三方势力轮动，三国鼎立局面形成之时。而《云之遥》就是以此段时间为配景，特意着重描写了在前期势力划分不稳定，三方都想“乘火掠夺”，一统天下，战争一触即发之时的情况云之遥。
本作的男主角，徐暮云，也像三国势力从变动到稳定一样，从一派稚气中发展为一代侠士，有了自己对战争的感悟，也依照其性格做了自己的抉择。但战争之下无对错之别，面临他的将是跟严酷的磨练……